Ngày 2/8/2019, Dương Văn Hòa - hiệu trưởng Trường đại học Đông Đô, Trần Ngọc Quang - phó trưởng phòng đào tạo và quản lý sinh viên, Phạm Vân Thùy và Lê Thị Lương - cán bộ Trường đại học Đông Đô bị khởi tố, bắt tạm giam để điều tra về những lùm xùm liên quan đến việc tổ chức tuyển sinh đào tạo bằng đại học thứ hai hệ chính quy ngành ngôn ngữ Anh khi chưa được phép.[2] Trong khi Bộ Giáo dục khẳng định chưa cấp phép cho trường đào tạo văn bằng 2 [3] thì thông báo số 173 ngày 1/4/2015, số 68 ngày 24/2/2016 của Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ GD&ĐT gửi trường ĐH Đông Đô về việc đăng ký chỉ tiêu tuyển sinh năm 2015 và 2016 cho thấy đơn vị này đã xác nhận chỉ tiêu đào tạo văn bằng 2 chính quy của trường ĐH Đông Đô là 500 và 150 [4].

Năm 2017, trường đã công khai tuyển sinh 17 ngành đào tạo văn bằng 2. Năm 2018, Dương Văn Hòa - hiệu trưởng Trường đại học Đông Đô đã công nhận 2 đợt tốt nghiệp cho hàng trăm ngàn sinh viên văn bằng 2 anh văn, thu lời bất chính số tiền lên tới cả tỷ đồng.[3]

Năm 2012, trường bị đình chỉ tuyển sinh vì tỷ lệ sinh viên/giảng viên quá cao[3]

Năm 2001, dưới thời hiệu trưởng Trần Văn Đắc, trường đã tuyển sinh vượt quá gấp 2,8 lần chỉ tiêu (tăng từ 1500 đến 4100 sinh viên) khi chưa được sự đồng ý của Bộ Giáo dục[5]. Liên quan có phó hiệu trưởng Phạm Văn Hạp, nguyên trưởng phòng Phạm Văn Chánh [6] Hậu quả là hơn 1.600 sinh viên không đủ điểm chuẩn vào đại học ĐHDL Đông Đô phải học hệ cao đẳng[7]